Szepesváron született 1487-ben Szapolyai István nádor és Hedvig tescheni hercegnő gyermekeként. 1505-ben a köznemesi párt jelölte a trónra, 1511-től erdélyi vajda volt.1526-ban azon a címen jelentette be trónigényét, hogy az 1505. évi országgyűlés határozata alapján többé idegen királyt nem lehet választani. Ennek alapján hívei az 1526. októberi tokaji országgyűlésen királlyá választották, majd novemberben meg is koronázták. 1539 végén Erdélyben összeesküvést szőttek I. János ellen. A lázadókat halálra ítélte, de az ítéletnek már nem tudott érvényt szerezni. 1540. május végén agyvérzést kapott. Nem sokkal halála előtt értesült arról, hogy fia született. Követeket küldött a török Portára, hogy fia, János Zsigmond (II. János) királyságának elismerését kérje. Szászsebesen halt meg július 17-én, Székesfehérvárott temették el .